Huimilpan estuvo a cargo de la Orden de los Franciscanos, mismos que tenían su convento en El Pueblito (Corregidora) de acuerdo al Libro de Indios que se encuentra en el archivo parroquial de esta cabecera municipal y que data de 1716. 

En la época Colonial se instalaron diez haciendas a lo largo del territorio (motores económicos de esta época), entre ellas: Los Cués, Santa Teresa, Lagunillas, Ceja de Bravo, El Vegil, Apapátaro, La Noria, Carranza, El Milagro y la de los Indios que pertenecían al pueblo de Huimilpan y se ubicaba en la trasquila a 1.5 Km de la cabecera municipal, donde fue fundado el pueblo.